氣囊小腸鏡（ Balloon Enteroscopy ），長約兩米，外套一條長 150 厘米的膠管作為支撐，可分為單氣囊及雙氣囊兩類。原理是憑著氣囊的收放及膠囊的推拉，可將六米長的小腸套進小腸內視鏡內，透過鏡頭逐吋觀察腸壁有何異常情況。

小腸鏡亦可從上（口部）或從下（肛門）而入，利用此方法除了可觀察小腸的狀況外，更可即時進行治療，例如止血、抽取樣本及切除息肉，大大減低病人開刀之苦，亦可節省不少檢查及治療時間。


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圖為氣囊小腸鏡